本分署管轄區域包括高雄市、澎湖縣。

• 高雄市
  轄有前金、新興、鹽埕、左營、楠梓、鼓山、旗津、苓雅、三民、前鎮、小港、鳳山、鳥松、大社、仁武、大樹、岡山、燕巢、梓官、永安、彌陀、橋頭、田寮、茄萣、阿蓮、路竹、湖內、那瑪夏、桃源、茂林、六龜、美濃、旗山、甲仙、內門、杉林、林園、大寮區等38個行政區。總面積2,946平方公里，人口約275萬餘人（不包括流動人口）。
• 澎湖縣
  轄有馬公市、湖西鄉、西嶼鄉、白沙鄉、望安鄉及七美鄉等，轄內人口約10萬餘人。

轄區法院有高雄、橋頭、澎湖等3個地方法院。